Máy tính để bàn có một lợi thế so với laptop ở chỗ phụ tùng và tiện ích mở rộng có xu hướng được tiêu chuẩn hóa, dẫn đến giá thấp hơn và tính sẵn sàng cao hơn. Ví dụ, kích thước và cách gắn bo mạch chủ được chuẩn hóa thành ATX, microATX, BTX hoặc các yếu tố hình thức khác. Máy tính để bàn có một số khe cắm mở rộng được tiêu chuẩn hóa, như PCI hoặc PCI express thông thường, trong khi laptop chỉ có xu hướng có một khe cắm mini-PCI và một khe cắm Thẻ PC (hoặc khe cắm ExpressCard). Thủ tục lắp ráp và tháo gỡ máy tính để bàn cũng có xu hướng đơn giản và chuẩn hóa. Điều này có xu hướng không phải là trường hợp của laptop, mặc dù việc thêm hoặc thay thế một số bộ phận, như ổ đĩa quang, đĩa cứng hoặc thêm một mô-đun bộ nhớ phụ thường khá đơn giản. Điều này có nghĩa là cấu hình máy tính để bàn, thường là vỏ tháp, có thể được tùy chỉnh và nâng cấp ở mức độ lớn hơn so với laptop. Tùy chỉnh này đã giữ cho các trường hợp tháp phổ biến trong các game thủ và những người đam mê.

Một ưu điểm khác của máy tính để bàn là (ngoài các vấn đề về môi trường) tiêu thụ năng lượng không quá quan trọng như trong laptop vì máy tính để bàn được cung cấp độc quyền từ ổ cắm trên tường. Máy tính để bàn cũng cung cấp nhiều không gian hơn cho quạt làm mát và lỗ thông hơi để tản nhiệt, cho phép những người đam mê ép xung với ít rủi ro hơn. Hai nhà sản xuất bộ vi xử lý lớn là Intel và AMD đã phát triển CPU đặc biệt cho máy tính di động (tức là laptop) tiêu thụ ít năng lượng hơn và nhiệt thấp hơn, nhưng với mức hiệu suất thấp hơn.

Ngược lại, laptop cung cấp tính di động mà các hệ thống máy tính để bàn (bao gồm cả yếu tố hình thức nhỏ và máy tính để bàn tất cả trong một) không thể do kích thước nhỏ gọn và thiết kế vỏ sò. Thiết kế tất cả trong một của laptop cung cấp bàn phím tích hợp và thiết bị trỏ (như bàn di chuột) cho người dùng và có thể sử dụng nguồn điện được cung cấp bởi pin sạc. Laptop cũng thường tích hợp các công nghệ không dây như WiFi, Bluetooth và 3G, cung cấp cho chúng nhiều tùy chọn kết nối với internet hơn, mặc dù xu hướng này đang thay đổi khi các máy tính để bàn mới hơn được tích hợp với một hoặc nhiều công nghệ này.

Một máy tính để bàn cần một UPS để xử lý các nhiễu điện như gián đoạn ngắn, mất điện và tăng đột biến; để đạt được thời gian sử dụng pin hơn 20 phút30 cho máy tính để bàn cần một bộ lưu điện lớn và đắt tiền. Một laptop có pin sạc đầy có thể tiếp tục được sử dụng trong nhiều giờ trong trường hợp mất điện và không bị ảnh hưởng bởi sự gián đoạn và mất điện ngắn.

Một máy tính để bàn thường có lợi thế hơn một laptop tương đương về khả năng tính toán. Ép xung thường khả thi hơn trên máy tính để bàn so với trên laptop; các tiện ích bổ sung phần cứng tương tự như bộ đồng xử lý đồ họa rời có thể chỉ có thể cài đặt trong máy tính để bàn.